Es war 1922, vier Jahre nach dem 1. Weltkrieg, der Fussball als Sport steckte noch in den Kinderschuhen, da taten sich auf dem Manesseplatz einige Jünglinge zusammen – sie waren zwischen 17 und 18 Jahre alt und auf dem Heimweg vom Training auf der Allmend-Brunau – und beschlossen unter dem Schein einer Gaslaterne, den FC Manesse zu gründen.Der Fussball hatte damals noch lange nicht den Stellenwert von heute, doch immer mehr Junge aus dem Quartier traten dem Verein bei. Darauf beschloss der Vorstand, den Namen auf FC Wiedikon abzuändern. (Der Monatsbeitrag betrug dazumal 50 Rappen).Trotz der kommenden Krisenjahre entwickelte sich der Verein zu einem festen Bestandteil des Quartierlebens.Der Club erkämpfte sich bald einmal den Aufstieg in die damalige Serie C, in etwa die heutige 2. Liga. Im Quartier selbst bekam der FC Wiedikon keinen Platz zum Spielen.So verschlug es ihn auf den alten Hardhof, einen Platz hinter den sieben Geleisen zwischen Hardturm und Letzigrund, oder auf das Heiligfeld.Heute steht dort das Hotel Inter-Continental.

Es kam die Zeit des 2. Weltkrieges (1939-1945), in welcher der Verein stagnierte. Der Aufschwung begann aber gleich mit dem Ende des Weltkrieges.

In kurzer Zeit wuchs der Club zu einer ansehnlichen Grösse. Der Bestand an gemeldeten Mannschaften vergrösserte sich von Jahr zu Jahr. Bereits 1 Jahr nach Kriegsende (1946) wurde die Juniorenabteilung gegründet.

Die 1. Mannschaft erkämpfte sich schon bald den Aufstieg in die heutige 2. Liga. Diese Spielklasse verliess sie, mit Ausnahme des 2mal einjährigen Abstechers in die 3. Liga, nie.

Dafür folgte im Jahr 1992 der Höhepunkt der Vereinsgeschichte, der Aufstieg in die 1. Liga. Drei Saisons konnte sich das Team in der höchsten Amateurklasse halten. Seit 1995 spielt sie wieder in der 2. Liga.

Ab 1944 spielte die 1. Mannschaft und wenig später alle anderen FCW-Teams auf einem der hinteren Plätze des Letzigrundes. 1970 fand der FCW seine definitive Bleibe auf der neue erstellten Sportanlage Heuried und konnte so inmitten des Quartiers sesshaft werden.

Juniorenabteilung FC Wiedikon

Die Juniorenabteilung hat sich, dank des Einsatzes vieler Idealisten, über die regionalen Grenzen hinaus einen ausgezeichneten Namen geschaffen. Getreu seinem Leitmotiv will der FC Wiedikon allen Jugendlichen im Quartier die Chance geben, ihren Lieblingssport im Quartier auszuüben.

Zu den bekanntesten Leuten, welche die FCW-Schule durchlaufen haben, gehören die ehemaligen Nationalligaspieler Köbi Kuhn (später Trainer der Schweizer Nationalmannschaft), René Deck, Christian Winiger, Fredi Strasser und Urs Schönenberger.

Frauenteam

In der Saison 2018/19 spielte erstmals ein Frauenteam für den FC Wiedikon.

Seit 2019 sind die Frauen mit Anna Dettwiler auch im Vorstand des FC Wiedikon vertreten.

2021 wählte die Generalversammlung auch Artemis Siradakis in den Vorstand. Sie leitet die Juniorinnen-Abteilung.